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En 2045, Motoko Kusanagi et la Section 9 affrontent une nouvelle menace redoutable dans cette version long-métrage de la première saison de "SAC_2045".

L'histoire se déroule dans un monde futuriste cyberpunk et nous fait suivre les aventures de Motoko Kusanagi, dite « major », et Batou, deux cyborgs appartenant à une unité spéciale du gouvernement (la section 9, anti-terroriste) qui essaient de capturer le pirate informatique le plus dangereux et insaisissable au monde, connu seulement sous le pseudonyme de Puppet master (« le marionnettiste »). Cette traque se fait sur un fond de guerre des services avec la section 6, qui s'intéresse elle aussi au Puppet master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « projet 2501 ».

Dans un univers où la guerre froide n'a jamais pris fin et où les conflits croissants entraînent un progrès rapide de la guerre technologique, l'espionne cyborg Mirine de l'Organisation 00 affronte les agents du bloc de l'Est dans un jeu d'espionnage de haute technologie.

Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du « Puppet Master », un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles…

Né d'une mère humaine et d'un père vampire, D vit entre lumière et ténèbres dans un monde au bord de l'abîme. C'est le pire qu'il tente d'empêcher en se lançant sur la trace de Charlotte Elbourne, une jeune femme kidnappée par Meier Link, un puissant vampire que traque également le clan Markus. Mais, autant D que les Markus s'engagent au-delà de Meier Link, à affronter un adversaire nettement plus redoutable encore, la comtesse Carmilla qui, depuis son tombeau, attend que le sang d'une vierge la ramène à la vie.

Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.

Kusanagi et toute la section 9 doivent débusquer un terroriste connu sous le nom de "Fire Starter" qui libère un virus affectant les cyber cerveaux.

Ghost in the Shell : Arise est un ensemble de 4 films qui racontent l'histoire de Mokoto Kusanagi et de comment elle a rejoint la section 9. On la découvre plus jeune, depuis sa précédente occupation jusqu'au recrutement de l'ensemble des membres de son équipe. Celui ci est la suite directe de Ghost in the Shell: Arise - Border

« Pourquoi moi ? » fut la dernière pensée de Rune Balot, adolescente prostituée brûlée vive par un tueur en série… Ramenée à la vie grâce à une incroyable technologie, Rune se réveille totalement transformée en cyborg. Mise au point par le docteur Easter, cette technique de cybernétique, normalement interdite, a été autorisée par un amendement spécial : le “Mardock Scramble 09”. En échange de cette seconde chance, la jeune cyborg va devoir plonger dans les bas-fonds de Mardock City, une mégalopole où règnent la violence et le désespoir, à la recherche du psychopathe qui lui a ôté la vie…

Quelques années après les événements de l'OAV Armitage III, Naomi et Ross sont toujours ensemble et élèvent leur petite fille Yoko en vivant sous de fausses identités. Le gouvernement de Mars souhaite entamer la phase Zephyria du programme de terraformation qui achèvera le plan de colonisation en dotant la planète rouge de ses propres océans. D'un autre côté, les dirigeants de la Terre préférerait voir ce monde demeurer une colonie à leur botte...

Il y a quelques années, un pirate informatique surnommé « le rieur » avait kidnappé pendant deux jours un industriel fabricant des micromachines dans le domaine médical. Le criminel était apparu sur une chaîne de télévision affublé d’un smiley naïf à la place du visage. Depuis, on lui prête l’orchestration d’un vaste racket auprès de différentes sociétés de micromachines. 6 ans plus tard, le rieur refait son apparition et pirate le cerveau d’un préfet de police. Il dit vouloir ouvrir les yeux du monde sur un vaste complot médico-politico-militaire. C’est alors que la Section 9 est confrontée à nombreux actes terroristes commis par des individus se réclamant tous être « le rieur ». Mais qui sont ces copies ? Qui est l’original ? Certains groupuscules ne se serviraient-ils pas du rieur pour œuvrer à leurs fins ? Motoko et son équipe doivent démêler cet écheveau qui ira jusqu’à mettre en péril la vie de plusieurs membres de la cyber-police.

Japon. 2034. Des terroristes surnommés « Les onze individuels » prennent les employés de l’ambassade de Chine en otage pour réclamer la fermeture des quartiers des réfugiés chinois. Le premier ministre refusant que l’affaire s’ébruite, la Section 9 est appelée pour intervenir. D’autres actes terroristes sont commis sous ce nom énigmatique. Mais il semble bien que c’est un nouveau « Stand Alone Complex » auquel Motoko et son équipe ont à faire, c'est-à-dire un phénomène faisant que des individus qui ne se connaissent pas œuvrent dans un but commun. L’équipe est à son (cyber) corps défendant chaperonnée par Kazundo Gôda, un homme d’influence dont le visage à moitié défigurée inspire la terreur. Quelles sont les réelles motivations de cet énigmatique individu qui sous couvert de solutionner une situation de crise semble la tirer volontairement vers le chaos général ?...

Kusanagi et Bâto enquêtent sur les agissements d'une organisation terroriste dont le symbole est une Scylla. Togusa enquête de son côté sur le meurtre d'un homme qui transportait des jambes artificielles fabriquées par la Mermaid's Leg corporation.

L’histoire met en scène une prostituée qui est brûlée vive par un de ses clients. Grâce à la science, elle est ressuscitée et sa seule rédemption se trouve dans la mort de son bourreau. Cela l’amène à s’en prendre à une organisation criminelle particulièrement puissante qui veulent sa mort également.

Sur la planète Latimar, Takeshi Kovacs doit protéger une précieuse tatoueuse tout en enquêtant sur la mort d'un chef yakuza au côté d'une C-TAC qui ne plaisante pas.

Premier film d'une trilogie compilant les 2 premières saisons de Code Geass (Code Geass: Lelouch of the Rebellion et Code Geass: Lelouch of the Rebellion R2). Le film contient des scènes supplémentaires.

Mars 2029. Dans un monde en phase de cybernétisation accélérée, les Etats souverains sont désormais dépassés par les flux d'informations et affaiblis par l'émergence de nombreux groupuscules se livrant une lutte de pouvoir effrénée. Le Premier Ministre du Japon est alors brutalement assassiné. Motoko Kusanagi, une cyborg d'élite à la tête de la Section 9, est chargée de découvrir la vérité. Une enquête très dangereuse sur les traces d'un cyber-virus d'une ampleur sans précédent l'emmènera à questionner ses origines ainsi que le rôle grandissant de la technologie dans un monde encore vulnérable..

Ce film est découpé en 2 parties : La première, Death, résume les épisodes 1 à 24 de la série Evangelion. La seconde, Rebirth, constitue les 15 premières minutes de l'épisode 25' (l'épisode 25 TV remanié, amélioré, complété avec une histoire inédite jusqu'alors). La partie Death est un remontage, assez aléatoire, de la série TV. Ce remontage intègre plusieurs scènes inédites, qui ont été intégrées à la série TV dans sa version vidéo (sortie 2 ans après la première diffusion TV). La partie Rebirth n'est pas complète, car la Gainax n'a pas eu le temps de terminer leur projet (épisodes 25' et 26'). Il a alors été décidé de diffuser un premier film en mars, dans lequel serait montré un avant-goût du produit final (la partie Rebirth) et un autre film en été, qui serait cette fois la version complète.

Quatre ans après la mort de Shogo Makishima et la disparition de Shinya Kogami, le gouvernement japonais commence à exporter la technologie du « Système Sibylle » vers d'autres pays, la déployant dans le monde entier. Un état au milieu d'une guerre civile, SEAUn (the South East Asia Union, prononcé « Shian »), apporte le système Sibylle comme une expérience, et la ville côtière de Shambala Float atteint une paix et une sécurité temporaire. C’est alors que des terroristes de SEAUn apparaissent au Japon, se glissant à travers le système Sibylle et l'attaquant de l'intérieur, menant Akane Tsunemori et son équipe à Shambala Float (basé au Cambodge) pour enquêter.

Nous sommes en 2027 soit un an après la fin de la guerre-non nucléaire. Une ville relativement paisible appelée New Port est attaquée par des terroristes. L’armée japonaise décide de répliquer en postant son armée en plein cœur de New Port. Mais les terroristes frappent à nouveau. Une enquête est ouverte par le gouvernement nippon et celle-ci est confiée à la section 9 dirigée par Daisuke Aramaki. Afin de renforcer son effectif, le leader de la section 9 a intégré à son équipe un nouveau membre : une jeune demoiselle répondant au nom de major Motoko Kusanagi.