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L'histoire débute quand Ai Ohto, une jeune fille de 14 ans, entend une voix mystérieuse l'appeler alors qu'elle se promène en ville tard la nuit. Cette voix lui donne un œuf et lui dit : « Si tu désires changer le futur, tu n'as qu'à choisir maintenant. Crois en toi et casse l'œuf. »

Automne 2007, un mois avant le festival du lycée, Haruki Kitahara voit se décomposer le club de musique dans lequel il était guitariste remplaçant. Comme un chant du cygne, il entame un dernier morceau à la guitare. À ses dernières notes se mêlent alors celles du piano de la salle voisine, puis une voix féminine mélodieuse.

Un matin, alors qu’elle se rend au lycée, Naho reçoit une drôle de lettre… une lettre du futur ! La jeune femme qu’elle est devenue dix ans plus tard, rongée par de nombreux remords, souhaite aider celle qu’elle était autrefois à ne pas faire les mêmes erreurs qu’elle. Aussi, elle a décrit, dans un long courrier, les évènements qui vont se dérouler dans la vie de Naho lors des prochains mois, lui indiquant même comment elle doit se comporter. Mais Naho a bien du mal à y croire, à cette histoire…

Yū Haruna est un jeune homme qui vient tout juste de changer d'établissement scolaire. Du fait de sa timidité, il préfère rester sur son téléphone plutôt que de communiquer avec les autres élèves. Il fera toutefois la rencontre de Fūka Akitsuki, une jeune femme qui ne possède pas de téléphone et qui fascine de nombreuses personnes. Dans le même temps, notre héros a repris contact via Twitter avec son amie d'enfance Koyuki Hinashi qui est désormais devenue une chanteuse à succès. Yū décide d'inviter Fūka à un concert de son amie. C'est ainsi que débute un triangle amoureux qui s'annonce des plus compliqués…

Matsugorô Sawamura était un joueur de shamisen au talent légendaire. À sa mort, son petit-fils, Setsu Sawamura, a perdu sa capacité à jouer. Ne parvenant pas à retrouver le rythme et la mélodie qu'il aimait, Setsu se rend à Tokyo à la recherche d'une nouvelle inspiration. Yuna Tachimura l’invite à rejoindre le club de shamisen de son lycée afin de poursuivre son entraînement. Toujours à la recherche du son qui fera vibrer son âme, Setsu imprègne sa musique de ses sentiments...

En raison de sa santé précaire, Kôichi Sasakibara est contraint de quitter la capitale pour la province de Yomiyama. Intégrant la troisième 3, il est loin de se douter que sa rencontre avec Mei Misaki, une mystérieuse jeune fille ignorée par ses camarades, marque dès lors l’avènement d’une série de catastrophes macabres révélant l’existence d’une ancienne malédiction…

Takezo, est le dernier élève du club de Koto (instrument à cordes japonais) de son lycée. Le club risque la fermeture s'il ne trouve pas de nouveaux membres. Un jour, un élève du nom de Kudo Chika, débarque dans le club et demande à s'inscrire. Le souci ? C'est un délinquant notoire dont même les élèves d'autres écoles connaissent la réputation…

Les années collège dans la ville de Kawagoe ! Kôtarô travaille dans une librairie et il aimerait devenir écrivain. Akane est une jeune fille pleine d’énergie qui adore courir. Ils se retrouvent tous les deux dans la même classe et doivent s’occuper des équipements d’un festival de sport. Une relation naît doucement, malgré leurs caractères opposés, notamment à travers les nombreux échanges qu’ils ont sur LINE, un logiciel de discussion.

Une rumeur étrange circule dans toutes les écoles du Japon. Dans le vieux bâtiment, une certaine dame prénommée Hanako se trouverait dans la 3e cabine des toilettes des filles du 3e étage. Ceux qui l’invoqueraient verraient un de leurs souhaits se réaliser. Nene Yashiro est une jeune fille fan de superstitions et d’affaires occultes. Elle aimerait bien sortir avec un camarade plus vieux pour qui elle a un faible. Elle décide alors de voir si la légende dit vrai et invoque Hanako. Mais une malédiction s’abat sur elle, et elle se retrouve transformée en poisson.

Anon Chihaya, une nouvelle élève au lycée pour filles Haneoka. Celle-ci fait la rencontre de Tomori Takamatsu, avec qui elle se rapproche doucement, au point de l'inviter à rejoindre le groupe qu'elle est en train de monter.

Dieu se meurt. Selon la tradition, 13 Anges sont envoyés au Japon et doivent choisir chacun un humain qui recevra le pouvoir de vie et de mort sur les autres hommes pendant 999 jours. Au terme de ce délai, les actions des candidats au poste de Dieu seront jugées et l'un d'eux sera élu pour être le nouveau Dieu du Paradis. Mirai Kakehashi est un lycéen qui n'espère plus rien de la vie ; ayant perdu ses parents très jeune et étant battu par son oncle et sa tante, la seule famille qui lui reste, il choisit de se suicider en sautant du toit d'un immeuble. Mais il est sauvé de justesse par Nasse, une Ange qui lui offre trois pouvoirs spéciaux et fait de lui l'un des 13 candidats au poste de Dieu. Dorénavant, Mirai a la capacité de changer les gens qui l'entourent. Mais parviendra t-il à reprendre goût à la vie grâce à ces dons du ciel ?

Le lycée Kitauji avait un club de musique de haut niveau, mais il est tombé en désuétude quand son responsable est parti. En attendant, avec ses camarades de classe Hazuki et Sapphire, Kumiko Ômae vient observer un club de fanfare. Kumiko joue de l'euphonium et elle se laisserait bien entraîner dans cette aventure, mais quand elle croise Reina, une ancienne camarade de classe, elle hésite. Un incident avec Reina, durant un concours de musique, est resté gravé dans ses souvenirs…

Par une nuit d'avril à Tokyo, alors qu'il est encore trop tôt pour les feux d'artifice, un étudiant universitaire nommé Kakeru Sorano rencontre une personne nommée Koharu Fuyutsuki. C'est une belle jeune femme qui se démarque de la foule, rit beaucoup et dégage une chaleur qui contraste fortement avec l'introversion de Kakeru. Mais il y avait quelque chose qu'il ignorait au début : elle est aveugle. Contrairement à Kakeru, Koharu n'a jamais renoncé, même avec sa cécité. Elle va tous les jours à l'université, s'intéresse aux clubs, se fait des amis et rêve de lancer un jour des feux d'artifice. Kakeru se demande pourquoi, puisqu'elle ne peut pas les voir... mais peut-être que cela n'a pas d'importance. Et peut-être qu'il peut lui aussi aller de l'avant, pour la fille qui a toujours été à ses côtés.

Kiyotaka Ayanokôji intègre le prestigieux lycée de haut niveau de Tokyo où, une fois le diplôme en poche, quasiment 100 % des élèves trouvent un travail ou sont reçus à l’université. Pas de chance, il se retrouve dans la 2de D où finissent tous les élèves à problèmes ! Mais au bout d’un mois, Kiyotaka et ses camarades de classe découvrent l’envers du décor et le terrible système sur lequel repose le fonctionnement de cette école…

Et s’il était possible de faire en sorte que la douleur des uns soit partagée équitablement avec ses semblables afin d’instaurer la paix dans le monde ? C’est dans cette optique que la ville de Sugomori a mis au point le système Kizna : les membres, triés sur le volet, seront connectés à ce dernier et partageront désormais leur souffrance physique et affective. Katsuhira Akata, un lycéen apathique et insensible aux émotions d’autrui, se voit pourtant sélectionné avec six autres personnes par la mystérieuse Noriko Sonozaki pour devenir un « Kiznaiver ».

Takopi, un petit extraterrestre, débarque sur Terre avec une mission : répandre le bonheur ! Lorsqu'il rencontre Shizuka, une élève au visage infiniment triste, il se jure de lui redonner le sourire à l'aide de ses “happy gadgets”. Mais le petit alien est loin d’imaginer la noirceur de l’environnement dans lequel évolue l’écolière et il lui faudra plus que des gadgets pour l’aider à trouver le bonheur…

Le club de tennis du lycée est sur le point de fermer ! Qu’à cela ne tienne, Tôma Shinjô demande à Maki Katsuragi, un jeune prometteur, de rejoindre l’équipe afin de participer au championnat d’été. Ce dernier accepte, à la condition d’être rémunéré…

À la fin de ses études universitaires, Rikuo Uozumi, un garçon sans réelle ambition dans la vie, a trouvé un petit job dans un combini, une petite supérette ouverte 24h/24, très populaire au Japon. Les jours se suivent et se ressemblent pour Rikuo jusqu'à sa rencontre avec son ancienne petite amie et camarade de classe mais surtout avec la troublante Haru Nonaka, toujours accompagnée de son fidèle corbeau…

« Yosuga no Sora » raconte l'histoire des jumeaux Haruka et Sora Kasugano devenus orphelins après la mort de leurs parents dans un accident de voiture. Ils décident donc de tout recommencer dans leur maison secondaire située dans des montages japonaises, là où ils ont passé leurs vacances étant plus jeunes. Beaucoup d'années se sont écoulées depuis. Comment les deux personnages principaux et leurs anciennes connaissances vont elles réagir à ces retrouvailles ? Une longue route les attend. Sora Kasugano saura t-elle faire confiance à d'autres personnes que son frère, pour qui elle éprouve beaucoup d'amour ?

Dans un monde où animaux de toutes sortes coexistent, un gentil loup découvre ses pulsions de prédateur alors même qu'un meurtre vient d'être commis dans son école.